暦応2年（1339）9月9日、信濃国司小笠原貞宗公の御創建と伝える。
これよりさき公は、諏訪明神建御名方富命の霊夢を蒙り、戦勝大功をたてられ、建武2年（1335）井川城を築き入部され、のち同城艮八丁余の地長沢川の北端、庄内郷宮村の地へ、南面に社殿を造営し城の鬼門の守護神として神助奉賽の誠を奉げられ、「宮村明神」と称えた。
永正元年（1504）小笠原氏は、深志城（松本城）を築き移るに及び産土神と尊敬し、社殿を西面に直し城の巽の鎮護神とされた。
菅原道真の奉斎は、応永9年（1402）小笠原貞基公が北野天満宮より井川城外鎌田の池に勧請、文学風流の守護神として威徳を仰がれた。のち小笠原秀政公が天正10年（1582）深志城主となるに及び、社殿を宮村明神の右座に遷し、「宮村両社」と称して崇祀した。
当時9月9日を例祭日として奉仕したが、南城下町一円の総氏神の例祭として、寛永11年（1634）より6月25日に改められ、明治以降7月25日となり、今日に至る。
歴世城主の崇敬篤く、神領・宝器・神宝・社殿等を寄進された。
天保12年（1841）に京都吉田家の允許を得、「深志神社」と公称した。